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Certains de ces travaux peuvent effectivement être ajoutés au prix d'achat pour le calcul de la plus-value : « dépenses de construction, de reconstruction, d'agrandissement ou d'amélioration [...] lorsqu'elles n'ont pas été déjà prises en compte pour la détermination de l'impôt sur le revenu et qu'elles ne présentent pas le caractère de dépenses locatives. » (Code Général des Impôts, Article 150 VB - II - 4).
En clair, si vous avez déjà déduit ces travaux de vos revenus locatifs ou de vos revenus globaux, vous ne pouvez plus les déduire de votre plus-value imposable.